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天行健,君子以自强不息

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生信Conda环境配置

FLYBOY
2026-01-29 / 0 评论 / 0 点赞 / 5 阅读 / 0 字

配置生物信息channels

 # 设置官方源
 conda config --add channels defaults
 conda config --add channels bioconda
 conda config --add channels conda-forge

http代理

使用代理环境(仅对当前终端适用),xxxx是你代理程序开放的端口:

​export HTTP_PROXY="http://127.0.0.1:xxxx"
export HTTPS_PROXY="http://127.0.0.1:xxxx"

查看代理是否设置成功

echo $HTTP_PROXY
echo $HTTPS_PROXY

永久将http代理写入当前用户

编辑 vim ~/.bachrc,把下面的配置放到最后即可

# ---- 代理配置开始 ----
# 统一写在小写,必要时再导出大写别名
proxy_host=127.0.0.1
proxy_port=xxxx

export http_proxy="http://${proxy_host}:${proxy_port}"
export https_proxy="${http_proxy}"

# 某些老旧程序只识别大写变量
export HTTP_PROXY="${http_proxy}"
export HTTPS_PROXY="${https_proxy}"
# ---- 代理配置结束 ----

然后,重新加载配置文件,执行命令source ~/.bashrc

创建环境 + mamba加速

创建conda环境

conda create -n <env_name>

安装mamba,后续命令使用mamba代替conda进行加速

conda install mamba -c conda-forge

进入创建的环境

conda activate <env_name>

安装python,推荐该版本

mamba install python=3.10

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