配置生物信息channels
# 设置官方源
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forgehttp代理
使用代理环境(仅对当前终端适用),xxxx是你代理程序开放的端口:
export HTTP_PROXY="http://127.0.0.1:xxxx"
export HTTPS_PROXY="http://127.0.0.1:xxxx"查看代理是否设置成功
echo $HTTP_PROXY
echo $HTTPS_PROXY永久将http代理写入当前用户
编辑 vim ~/.bachrc,把下面的配置放到最后即可
# ---- 代理配置开始 ----
# 统一写在小写,必要时再导出大写别名
proxy_host=127.0.0.1
proxy_port=xxxx
export http_proxy="http://${proxy_host}:${proxy_port}"
export https_proxy="${http_proxy}"
# 某些老旧程序只识别大写变量
export HTTP_PROXY="${http_proxy}"
export HTTPS_PROXY="${https_proxy}"
# ---- 代理配置结束 ----然后,重新加载配置文件,执行命令source ~/.bashrc
创建环境 + mamba加速
创建conda环境
conda create -n <env_name>安装mamba,后续命令使用mamba代替conda进行加速
conda install mamba -c conda-forge进入创建的环境
conda activate <env_name>安装python,推荐该版本
mamba install python=3.10